上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
演员：亨利·戈尔丁 安德鲁·浩二 伊科·乌艾斯 萨玛拉·维文 乌苏拉·科尔维罗 安部春香 平岳大 石田惠理 彼得·门萨 萨缪尔·芬齐 史蒂文·艾瑞克 马克斯·阿奇博尔德 西蒙·钱 詹姆斯·廖 谷垣健治 肖恩·O.罗伯茨 贾森·戴
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